不動産売却で登録免許税はかかる？売主が負担するケースを徹底解説
不動産売却を進める中で、「登録免許税」という税金の存在を知り、「これは買主が支払うものでは？」「売主にも支払い義務があるのか？」と疑問に思う方は少なくありません。
結論として、不動産の所有権を買主に移す**「所有権移転登記」の登録免許税は、商慣習上、買主が全額負担するのが一般的**です。多くの場合、売主様がこの費用を直接請求されることはありません。
しかし、これは「売主は登録免許税を一切支払わなくてよい」という意味ではないため注意が必要です。不動産の状況によっては、売主様が負担すべき登録免許税が存在します。知らずにいると、売却の最終段階で想定外の出費に慌てることになりかねません。
この記事では、不動産売却で売主様が登録免許税を負担する具体的なケースから、計算方法、手続き、注意点までを網羅的に解説します。売却をスムーズに進めるため、まずはどのような場合に売主負担となるのかを正確に理解しましょう。
売主が登録免許税を負担する2つの代表的なケース
売主様が登録免許税の負担を求められるのは、主に以下の2つのケースです。どちらも、不動産を「完全な所有権」として買主に引き渡すために、売主が果たすべき義務に関連する手続きです。
ケース1：住宅ローンが残っている場合（抵当権抹消登記）
売却する不動産に住宅ローンが残っている場合、その不動産には金融機関の「抵当権」が設定されたままになっています。抵当権とは、ローン返済が滞った場合に金融機関が不動産を差し押さえ、優先的に弁済を受けられる権利です。
買主は、このような権利が付いた不動産を購入したくありません。そのため、売主は売買代金の決済と同時にローンを完済し、この**抵当-権を抹消する登記（抵当権抹消登記）**を行う義務があります。この手続きにかかる登録免許税は、売主の義務を果たすための費用として、売主が負担します。
ケース2：登記簿上の情報が古い場合（登記名義人住所等変更登記）
登記簿（登記事項証明書）には、不動産所有者の氏名と住所が記録されています。しかし、購入後に引っ越しをしたり、結婚で姓が変わったりした際に、この登記情報を更新していないケースは珍しくありません。
不動産を売却する際は、登記簿上の所有者と現在の売主様が同一人物であることを公的に証明する必要があります。そのため、登記簿上の住所や氏名が現在のものと異なる場合は、所有権を移転する前に**「登記名義人住所変更登記」や「登記名義人氏名変更登記」**を行わなければなりません。この登記情報を現状に合わせるための登録免許税も、売主の負担となります。
これらのケースに心当たりがある方は、具体的な費用や手続きについてこの先の解説をぜひお役立てください。
そもそも登録免許税とは？不動産売却における3つの重要登記
売主負担の可能性がある「抵当権抹消」や「住所変更」の手続きで発生する「登録免許税」とは、一体どのような税金なのでしょうか。その基本から押さえていきましょう。
登録免許税の基本と「登記」の重要性
登録免許税とは、不動産などの権利を公的な帳簿（登記簿）に記録（登記）する際に、国に納める税金です。不動産取引において、この「登記」は極めて重要な役割を果たします。
なぜなら、登記は**「第三者対抗要件」**を備えるための手続きだからです。これは、「この不動産の所有者は私です」と、売主・買主以外の第三者に対しても法的に権利を主張できる状態にすることを意味します。口約束や売買契約書だけでは、当事者間の合意しか証明できません。万が一、悪意のある売主が同じ不動産を別の人にも売却（二重譲渡）した場合、先に代金を支払っていても、登記がなければ新しい所有者として法的に認められず、権利を失うリスクがあるのです。
このように、登記は不動産の権利関係を明確にし、取引の安全を守る不可欠な制度であり、その手続きの際に課されるのが登録免許税です。
不動産売却で発生する3つの重要登記と費用負担者
不動産売却では、主に以下の3種類の登記が発生します。それぞれ目的が異なり、費用負担者も商慣習として決まっています。
1. 所有権移転登記（費用負担：買主）
所有権移転登記は、不動産の所有権が売主様から買主様へ移ったことを登記簿に記録する手続きです。これが完了して初めて、買主様は法的に正式な所有者となります。この登記で権利を得るのは買主様であるため、登録免許税も買主様が負担するのが一般的です。売主様がこの費用を負担することはまずありません。
2. 抵当権抹消登記（費用負担：売主）
住宅ローンを利用して不動産を購入すると、金融機関が担保として「抵当権」を設定します。抵当権抹消登記は、ローンを完済した際に、この抵当権の記録を登記簿から消すための手続きです。売主様には、権利関係が何もないクリーンな状態で不動産を引き渡す義務があるため、この登記にかかる登録免許税はローンを借りていた売主様が負担します。
3. 登記名義人住所等変更登記（費用負担：売主）
登記簿上の所有者の氏名・住所が、引っ越しや結婚などによって現在の情報と異なっている場合に、情報を一致させるための手続きです。所有権を移転する大前提として、登記簿上の人物と売主様が同一であることを公的に証明する必要があるためです。この登記情報をご自身の現状に合わせるための手続きですので、登録免許税も売主様の負担となります。
不動産売却において売主様が負担する登録免許税は、主にこの「抵当権抹消登記」と「登記名義人住所等変更登記」の2つであると覚えておきましょう。
【売主負担は2種類】抵当権抹消・住所変更登記の登録免許税を深掘り
売主様が負担する登録免許税は、「抵当権抹消登記」と「登記名義人住所等変更登記」の2種類です。これらは不動産をクリーンな状態で引き渡すために不可欠な手続きですが、具体的にいくらの登録免許税がかかるのでしょうか。
登録免許税の基本は「不動産1個につき1,000円」
結論から言うと、抵当権抹消登記と登記名義人住所等変更登記にかかる登録免許税は、どちらも不動産1個につき1,000円です。
これは、売買価格やローン残高にかかわらず、法律（登録免許税法）で定められた定額の税金です。ただし、この「不動産の個数」の数え方には注意が必要です。
【重要】不動産の「個数」の数え方と計算例
登録免許税を正しく計算するには、対象不動産を正確にカウントすることが重要です。
ケース1：一般的な一戸建ての場合
一戸建ては、通常「土地」と「建物」の2つで構成され、登記上は別々の不動産として扱われます。
- 土地：1個
- 建物：1個
- 合計：2個
この場合、登録免許税は「2個 × 1,000円 = 2,000円」となります。
ケース2：土地が複数に分かれている場合（複数筆）
一つの敷地に見えても、登記上は複数の土地（筆：ふで、ひつ）に分かれていることがあります。
- 土地：2個（2筆）
- 建物：1個
- 合計：3個
この場合の登録免許税は「3個 × 1,000円 = 3,000円」です。土地の筆数は、登記事項証明書（登記簿謄本）や公図で確認できます。
ケース3：マンションの場合
マンションは、ご自身が所有する専有部分（部屋）が1個とカウントされます。それに加え、建物が建っている敷地（敷地権）の土地の筆数をカウントする必要があります。敷地が複数筆にまたがっているケースも少なくありません。
- 専有部分（建物）：1個
- 敷地権の土地：2個（2筆）
- 合計：3個
この例では、登録免許税は「3個 × 1,000円 = 3,000円」となります。
2種類の登記が同時に必要な場合の計算
住宅ローンが残っており（抵当権抹消）、かつ登記簿の住所が古い（住所変更）という場合は、それぞれの登記で登録免許税が発生します。例えば、土地1筆、建物1個の一戸建てで両方が必要な場合、
- 登記名義人住所等変更登記の登録免許税
- 不動産2個 × 1,000円 = 2,000円
- 抵当権抹消登記の登録免許税
- 不動産2個 × 1,000円 = 2,000円
- 登録免許税の合計：4,000円
となります。
登録免許税は「実費」、司法書士への「報酬」も忘れずに
ここまで解説した登録免許税は、国に納める「税金（実費）」です。不動産売却の登記手続きは、法律の専門家である司法書士に依頼するのが一般的であり、その際には登録免許税とは別に**司法書士への報酬（手数料）**が発生します。
司法書士報酬の目安は以下の通りです。
- 抵当権抹消登記の報酬： 10,000円～20,000円程度
- 登記名義人住所等変更登記の報酬： 10,000円～20,000円程度
売主様が実際に支払う総額は**「登録免許税（実費）＋ 司法書士報酬」**となります。諸費用を正確に把握するためにも、「実費」と「報酬」の2つの側面から費用を理解しておくことが大切です。
登録免許税はいくら？具体的な計算方法とケース別シミュレーション
売主様が支払う登録免許税は、具体的にいくらになるのでしょうか。ここでは、ご自身の状況に当てはめて費用を把握できるよう、計算方法とシミュレーションを詳しく解説します。
売主が負担する登録免許税の計算方法（定額制）
不動産の登記にかかる登録免許税は、原則として「課税標準 × 税率」で計算されます。例えば、買主様が負担する所有権移転登記では、課税標準に「固定資産税評価額」が用いられます。
しかし、不動産売却時に売主様が負担する主な登記（抵当権抹消登記、登記名義人住所等変更登記）は、固定資産税評価額とは関係なく、不動産の個数に応じた定額制となっています。
- 抵当権抹消登記の登録免許税： 不動産1個につき 1,000円
- 登記名義人住所等変更登記の登録免許税： 不動産1個につき 1,000円
「不動産の個数」は、土地は1筆、建物は1棟をそれぞれ1個と数えます。ご自身の不動産の正確な個数は、法務局で取得できる登記事項証明書（登記簿謄本）で確認することが重要です。
ケース別シミュレーションで費用を把握
具体的なケースに分けて、売主様が負担する登録免許税をシミュレーションしてみましょう。
ケース1：住宅ローンを完済した一戸建て（抵当権抹消のみ）
住宅ローンを完済した一戸建ての抵当権を抹消するケースです。住所変更は不要とします。
- 物件の構成： 土地1筆、建物1個
- 必要な登記： 抵当権抹消登記のみ
- 計算方法： 不動産2個（土地1個＋建物1個）× 1,000円
- 登録免許税の合計： 2,000円
ケース2：住所変更が必要なマンション（住所変更登記のみ）
購入後に引っ越しをしたマンションを売却するケースです。住宅ローンは完済済みとします。
- 物件の構成： マンション1戸（敷地権の土地が1筆の場合）
- 必要な登記： 登記名義人住所等変更登記のみ
- 計算方法： 不動産1個（専有部分＋敷地権）× 1,000円
- 登録免許税の合計： 1,000円 ※敷地権の土地が複数筆ある場合は、その筆数分が加算されます。
ケース3：住宅ローン完済済みで住所変更も必要な一戸建て（抵当権抹消＋住所変更）
戸建ての売却で、抵当権が残っており、さらに登記簿上の住所が現住所と異なるケースです。
- 物件の構成： 土地1筆、建物1個
- 必要な登記：
- 抵当権抹消登記
- 登記名義人住所等変更登記
- 計算方法：
- 抵当権抹消登記：不動産2個 × 1,000円 = 2,000円
- 登記名義人住所等変更登記：不動産2個 × 1,000円 = 2,000円
- 登録免許税の合計： 4,000円
このように、売主様が負担する登録免許税は、登記の種類と不動産の個数によって明確に算出できます。ご自身の物件状況と照らし合わせ、どの登記が必要か把握しておくことが、費用計画を立てる上で非常に重要です。
登録免許税の納付はいつ・どこで？手続きの流れと節税のポイント
登録免許税の額が把握できたら、次は「いつ、どこで、どう納付するのか」という実務的な手続きが気になるところです。ここでは、納付の流れから重要な節税ポイントまで解説します。
登録免許税の納付タイミングは「決済・引渡し日」
登録免許税を納付するタイミングは、原則として不動産の決済・引渡し日です。
決済・引渡し日には、売主様、買主様、不動産会社、司法書士が一堂に会します。買主様から売買代金の残金が支払われ、物件の鍵が引き渡されるのと同じタイミングで、法務局へ登記申請を行う必要があります。これは、代金決済と所有権の確保を同時に行い、取引の安全性を担保するためです。
登録免許税は登記申請時に納付する税金のため、必然的に納付タイミングも決済・引渡し日となります。
納付場所と方法：通常は司法書士が代行
登録免許税は、不動産の所在地を管轄する法務局に、税額分の収入印紙を登記申請書に貼付して納付するのが一般的です。
ただし、売主様ご自身が法務局へ出向いて手続きをすることはほとんどありません。通常は、登記手続きを依頼された司法書士がすべての手続きを代行します。売主様は、決済日当日に、登録免許税の実費と司法書士への報酬を合わせた金額を司法書士へ支払う流れになります。
手続きは司法書士に任せるのが一般的
抵当権抹消や住所変更といった登記手続きは、専門性と手続きの煩雑さから、国家資格者である司法書士に依頼するのが一般的です。司法書士は、必要書類の確認、本人確認、登記申請書の作成・提出、登録免許税の納付代行まで、取引の安全性を確保しながら一連の業務を担います。
売主様は、事前に必要書類を準備し、司法書士が作成した委任状に署名・押印するだけで済みます。複雑な手続きはすべて専門家に任せられるため、安心して取引を進めることができます。
【重要】登録免許税は「譲渡費用」として経費計上できる
ここが売主様にとって最も重要な節税のポイントです。不動産売却時に支払った登録免許税（抵当権抹消、住所変更など）は、売却益にかかる税金（譲渡所得税）を計算する上で**「譲渡費用」として経費計上できます。**
不動産を売却して利益（譲渡所得）が出た場合、その利益に対して所得税と住民税が課税されます。
譲渡所得 ＝ 売却価格 － (取得費 ＋ 譲渡費用)
この計算式の「譲渡費用」に、登録免許税を含めることができます。譲渡費用が大きくなるほど課税対象の譲渡所得は小さくなり、結果的に納める所得税・住民税を節税できるのです。
この節税メリットを受けるには、確定申告が必須です。売却した翌年の確定申告期間中に、登録免許税を支払ったことを証明する領収書（司法書士が発行）を基に申告しましょう。領収書は大切に保管しておくことが重要です。
相続した不動産を売却する場合の注意点
相続によって取得した不動産を売却する場合、亡くなった方（被相続人）の名義のままでは売却できません。事前に、相続人であるご自身の名義に所有権を移す**「相続登記」**を済ませておく必要があります。
この相続登記にも登録免許税が発生し、この費用も一定の要件下で譲渡費用として認められる場合があります。なお、2024年4月1日から相続登記は義務化されています。相続した不動産の売却をお考えの場合は、まず速やかに相続登記を行うことが第一歩です。
印紙税や譲渡所得税との違いは？不動産売却にかかる税金全体像
不動産売却では、登録免許税以外にもいくつかの税金が登場します。それぞれの性質や支払うタイミングが異なるため、全体像を理解しておくことが資金計画のズレを防ぐ鍵となります。
不動産売却で登場する4つの主要な税金
不動産売却で関わる主な税金を一覧で比較してみましょう。
| 税金の種類 | 課税対象（何に） | 納税のタイミング（いつ） | 納税者（誰が） | 納税方法 |
|---|---|---|---|---|
| 登録免許税 | 不動産の登記手続き | 登記を申請する時 | 登記で利益を受ける人（※） | 司法書士経由で法務局へ |
| 印紙税 | 不動産売買契約書 | 契約書を作成する時 | 売主と買主（連帯納税） | 収入印紙を契約書に貼付 |
| 譲渡所得税・住民税 | 売却して得た利益（譲渡所得） | 売却した年の翌年の確定申告時 | 売主 | 税務署や市区町村へ納付 |
| 消費税 | 事業者が売却する建物、仲介手数料 | 代金を支払う時 | 買主（最終消費者） | 代金に含まれる形で支払う |
※登録免許税の納税者：抵当権抹消登記は売主、所有権移転登記は買主が負担するのが一般的です。
登録免許税と各税金の具体的な違い
印紙税との違い
印紙税は、不動産売買契約書といった「特定の文書」を作成した際に課税されます。登録免許税が「登記」という法的手続きに課されるのに対し、印紙税は「契約書」という文書に課される点が根本的な違いです。印紙税も譲渡費用として経費計上できます。
譲渡所得税・住民税との違い
不動産売却で最も金額が大きくなる可能性のある税金です。これは、不動産を売却して得た**「利益（譲渡所得）」に対して課税されます。譲渡所得がプラスになった場合にのみ納税義務が発生します。登録免許税が手続きの手数料的な性格を持つのに対し、譲渡所得税・住民税は利益に対する税金**である点が決定的な違いです。
消費税との違い
消費税は、商品やサービスの「消費」に課される税金です。個人がマイホームを売却する場合、売却代金に消費税はかかりません。ただし、不動産会社に支払う仲介手数料や、司法書士に支払う登記手続きの報酬には消費税が課税されます。登録免許税という税金そのものに消費税はかかりませんが、司法書士に支払う総額には含まれる点に注意しましょう。
これらの税金は独立していますが、登録免許税や印紙税が譲渡費用として譲渡所得税を節税する効果があるなど、互いに関連しています。全体のつながりを理解し、総合的な視点で資金計画を立てることが不可欠です。
不動産売却の登録免許税で損しないための重要ポイント総括
最後に、登録免許税に関して「これだけは押さえておきたい」という重要なポイントを総括し、売却で後悔しないための道筋を明確にします。
売主が負担する登録免許税の核心は「2つの登記」
不動産売却で売主様が直接関わる登録免許税は、以下の2種類に集約されます。
抵当権抹消登記の登録免許税 住宅ローンが残っている場合、売却代金で完済し、抵当権を抹消する登記が必須です。登録免許税は不動産1個につき1,000円です。
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登記名義人住所変更登記の登録免許税 登記簿の住所が現住所と異なる場合に、情報を一致させるための登記です。こちらも登録免許税は不動産1個につき1,000円です。
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